Najstarszy jest fragment południowy, a ściślej mówiąc południowo-wschodni skupiony wokół kościoła i nieistniejącego już dworu.Część zachodnia, od strony Czernej (dawny Neu Gersdorf), została założona przez Wolfa Kacpra von Gersdorfa w drugiej połowie XVII wieku. Północną część Zebrzydowej, znajdującą się w sąsiedztwie torów kolejowych, wybudował Wolf Abraham von Gersdorf w 1730 roku. Przed 1945 r. ten najbardziej uprzemysłowiony fragment wsi (ze względu na istnienie zakładów ceramicznych) nosił nazwę Sophienwalde.
W XIV i XV wieku wchodzi w skład dóbr Penzigów i Rechenbergów. W 1392 r. w związku z nadaniem w lenno gospodarstwa bartnego w Puszczy Osiecznickiej wymienia się sołtysa z Zebrzydowej. Był nim niejaki Elegast. W 1500 roku jako dziedzica Zebrzydowej źródła podają Jerzego von Nostitz, syna Kacpra von Nostitza z zamku Czocha. W 1507 roku miejscowość objął w posiadanie Heintze von Reder. Był on pierwszym właścicielem Zebrzydowej, który zdecydował się w niej zamieszkać i wybudować pałac. W 1542 r. za 4 tys. guldenów węgierskich wieś kupuje od Rederów rada miejska Lubania, ale traci ją w 1547 r. wskutek rzekomej zdrady mieszczan (słynny „Poenfall"). Miejscowość uległa konfiskacie na rzecz Korony Czeskiej. Na prośby mieszczan lubańskich król Ferdynand oddał Zebrzydowe poprzednim właścicielom, lecz tylko na 4 lata, w bezpłatne użyczenie (1554-1558). W 1558 roku Ferdynand sprzedaje dobra zebrzydowskie podkanclerzemu Jerzemu Mehlowi von Strohlitz. W latach 1564-1632 wieś znajduje się w posiadaniu rodziny von Schónaich. W 1632 r. Zebrzydowa przechodzi ponownie w ręce Nostitzów, tyle że z Sulikowa. W latach 1641-1643 miejscowość jest wielokrotnie plądrowana przez wojska szwedzkie, cesarskie i saskie, a ludność zmuszana do ukrywania się w Puszczy. Od 1647 do 1740 r. Zebrzydowa należy do Gersdorfów, jednej z najbardziej znanych na Górnych Łużycach rodzin szlacheckich. Dzięki usilnym staraniom Wolfa Kacpra von Gersdorf dobra zebrzydowskie przekształcono w lenno po kądzieli (stosowny dokument August Mocny wydał 5 grudnia 1697 roku w Krakowie, będąc już królem Polski), ponadto 28 lutego 1702 roku miejscowość uzyskała prawo urządzania rocznie dwóch jarmarków i jednego targu bydłem. Spośród innych właścicieli Zebrzydowej należy wymienić rodziny: von Wobeser (1740-1743), von Braun-Wartenberg (1743-1746), von Lindenau (1746-1805), von Solms-Baruth (1805-1836), von Dalwitz (1836-1852), von Bistram (1852-1861), von Stolberg-Stolberg (1861-1868). Ostatecznie w 1868 roku miejscowość wykupił król pruski (późniejszy cesarz Niemiec) Wilhelm Hohenzollern.
Zebrzydowa z racji swego położenia przy Via Regia, zwanej też Wysoką Drogą, często była odwiedzana przez różne znane osobistości. 27 maja 1538 roku przyjechał od strony Zgorzelca król Czech i Węgier, Ferdynand I Habsburg. W Zebrzydowej Władce przywitał starosta Ulryk von Schaffgotsch, któremu towarzyszyło 20 szlachciców ze Śląska. 10 marca 1620 roku do Zebrzydowej zawitał „król zimowy", Fryderyk, wraz ze swoim bratem Ludwikiem. W ostatnich dniach sierpnia 1707 roku we wsi zjawił się polski król Stanisław Leszczyński powracający z Saksonii do Rzeczypospolitej. Szczególnie wielu znaczących gości zarejestrowano tutaj w okresie wojen napoleońskich. 17 lipca 1807 roku przez Zebrzydowę przejeżdżał cesarz Francuzów, Napoleon I Bonaparte.
Dwa dni później odnotowano obecność brata cesarza, Hieronima, króla Westfalii. W opisywanej miejscowości Bonapartego widziano jeszcze czterokrotnie: 29 maja 1812 r., 13 grudnia 1812 r.; 25 maja 1813 r. i 8 czerwca 1813 r. 18 lub 19 kwietnia 1813 roku przybył do wsi car Rosji Aleksander I. Tutaj doszła go wiadomość, że leżąca niedaleko wieś Zabłocie została właśnie spalona przez wojska sprzymierzone. Car bezzwłocznie pojechał do tej wsi i obiecał pogorzelcom wsparcie. 22 kwietnia 1813 roku przez Zebrzydowa przejechał swoim powozem król pruski Fryderyk Wilhelm III. Z kolei 12 maja tegoż roku w miejscowym dworze zatrzymał się na noc brat cara, wielki książę Konstanty. Skoro już jesteśmy przy roku 1813 to trzeba nadmienić, iż dla mieszkańców wsi był to czas wyjątkowo niełaskawy. W okresie kampanii wiosennej i jesiennej przemarsze wojsk, kontrybucje, grabieże, podpalania gospodarstw i epidemie należały do smutnej codzienności. Mieszkańcy Zebrzydowej bardzo często musieli dopuszczać swe domostwa i chować się po Puszczy. Na przełomie sierpnia i września 1813 roku (po bitwie nad Kaczawą) miejscowi wieśniacy także ukryli się wraz z dobytkiem w lesie. Jednakże ich kryjówka została sprzymierzonym wskazana przez pewnego rzeźnika z Nowogrodźca. Rosjanie ograbili uciekinierów i uprowadzili im bydło.
Z powodu przeprawy na Kwisie pod Zebrzydową przez kilka stuleci toczono zażarte spory. Mieszczanie lubańscy oraz mniszki i mieszczanie z Nowogrodźca krzywo patrzyli na to, iż kupcy jadący ze Zgorzelca do Bolesławca lub też odwrotnie omijali Lubań wraz z Nowogrodźcem i kierowali się prosto przez Zebrzydowę. Już w latach 1412-1413 swe niezadowolenie wyraziły z tego powodu nowogrodzieckie magdalenki. W owym czasie w Zebrzydowej nie istniał jeszcze żaden most i wozy przeprawiano przez rzekę wykorzystując miejscowy bród. Prawdziwe problemy dla sąsiednich miast zaczęły się niedługo potem, gdy w Zebrzydowej wybudowano most. Mieszczanie z Nowogrodźca poskarżyli się u władcy, że opłaty za przejazd przez most nowogrodziecki nie wystarczają już na jego utrzymanie w należytym stanie. A wszystko z powodu niskiej frekwencji, gdyż kupcom wygodniej było jechać krótszą drogą. Ale na zachowaniu mostu w Zebrzydowej bardzo zależało mieszczanom zgorzeleckim i bolesławieckim. Ich szala przeważyła i w 1438 roku król czeski Albrecht Habsburg wystawił dokument zezwalający na przewóz towarów górnołużyckich i śląskich przez most zebrzydowski. Przywilej ten uzyskał potwierdzenie Władysława Pogrobowca (1455 r.), a później jeszcze Władysława Jagiellończyka (1502 r.). W czasach panowania Ferdynanda I Habsburga lubaniacy uzyskali zgodę na zburzenie mostu, lecz wkrótce został on postawiony na nowo. W 1559 roku mieszczanie nowogrodzieccy zarekwirowali kilka wozów kupcom chcącym przeprawić się pod Zebrzydowę. Król Ferdynand zażądał zwrotu wozów i zagroził mieszczanom Nowogrodźca,że w przypadku powtórzenia się podobnej historii obciąży ich grzywną 500 dukatów. Z powodu wywołującego emocje mostu, w 1599 roku doszło do umowy pomiędzy zgorzelecczanami i lubaniakami. W 1604 roku mieszczanie lubańcy ugodzili się także z ówczesnymi właścicielami wsi, Schónaichami, a w 1615 roku, Maciej, władca Czech i Węgier, w Zebrzydowej ustanowił mostowe (o co lubaniacy od dawna zabiegali). Ale umowy i decyzja cesarza Macieja nie zakończyły bynajmniej perypetii z mostem. Po przyłączeniu Łużyc do Saksonii w 1635 roku w Zebrzydowej dodatkowo nowym problemem stał się przemyt towarów przez graniczną Kwise. W 1708 roku August Mocny kazał most zdemontować. Władca obawiał się przywleczenia dżumy szalejącej w Polsce, jak i ponownego najazdu Szwedów, którzy od kilku lat przebywali w Rzeczypospolitej. Na prośby bolesławieckich mieszczan most odbudowano, ale w maju 1709 roku znów go rozebrano. Gersdorfowie z Zebrzydowej wyjednali wprawdzie u Augusta Mocnego prawo ponownego wzniesienia mostu, lecz władca ten nie zgodził się na przewóz towarów przez Zebrzydowę (powyższy zakaz odnowiono także w 1733 roku).
1 września 1846 roku Zebrzydowa otrzymała połączenie kolejowe z Węglińcem i Legnicą. Już w 1854 roku doszło do jednego z pierwszych wypadków kolejowych. Na moście przez Kwisę lokomotywa wypadła z szyn i wagony z mąką, kawą i cukrem wylądowały w rzece. Korzystne położenie komunikacyjne i bogate złoża wysoko wartościowych iłów pozwoliły Zebrzydowej wybić się na ważny ośrodek ceramiczny. W 1872 roku powstał tutaj pierwszy zakład produkujący ceramikę budowlaną.
W 1939 roku zebrzydowskie zakłady posiadały 9 wielkich pieców pierścieniowych i zatrudniały 1200 osób. 27 listopada 1945 roku zebrzydowskie zakłady ceramiczne zostały spalone przez niemiecką organizację podziemną Freies Deutschland, którą kierował Alfred Kiihne z Bolesławca. Organizacja ta zajmowała się nie tylko sabotażem, ale także dokonywaniem mordów na Polakach. Freies Deutschland z Bolesławca zlikwidowano w lutym 1946 roku. Po 1945 roku obok repatriantów zza Buga osiedlili się Polacy z Bośni.
Kościół w Zebrzydowej istniał od co najmniej 1346 roku.
W pierwszej połowie XV wieku palą go husyci (odbudowa w 1470 r.). W 1606 r. zostaje postawiona kamienna wieża kościelna. 22 listopada 1745 roku miał miejsce ponowny pożar kościoła, podobnie jak i części wsi. Wywołali go przez nieostrożność stacjonujący w Zebrzydowej ułani węgierscy. Zebrzydowej bardzo szybko przyjłęy się nauki Marcina Lutra (luteranizm dotarł tu szybciej aniżeli w innych miejscowościach górnołużyckich, np. w Lubaniu). Już w 1524 r. dziedzic wsi Heintze von Reder wypędził z Zebrzydowej katolickiego proboszcza Jana Sanctoriusa, gdyż nie był on życzliwie usposobiony wobec reform mnicha z Wittenberg). Reder nie zważając na protesty budziszyńskiego oficjała osadził na parafii nowego proboszcza, którego nazwiska źródła niestety nie podają. Jako ciekawostkę z historii miejscowego kościoła podawano niegdyś chrzest tureckiego chłopca w marcu 1696 roku.
W 1843 r. w Zebrzydowej nad brzegiem Kwisy dokonano interesującego odkrycia.
Mianowicie znaleziono figurkę starorzymskiego boga Jowisza, pochodzącą prawdopodobnie z okresu panowania cesarza Hadriana (117-138 r. n.e.). Posążek został ofiarowany Górnołużyckiemu Towarzystwu Naukowemu i do 1945 roku znajdował się w Kaiser-Friedrich Museum (obecny Dom Kultury w Zgorzelcu). W podworskim parku nad Kwisą napotkamy wiele okazałych drzew pomnikowych. Możemy tu znaleźć np. ponad 250-letniego buka „Borynę?" oraz „Zenona", czterowiekowy dąb szypułkowy o obwodzie 560 cm. Z kolei w pobliżu budynku dworcowego rośnie jeden z najstarszych (ponad 110 lat) w Polsce okazów bluszczu pospolitego o 55 cm obwodu. W 1861 roku Zebrzydowę zamieszkiwało 1166 osób; 1885 - 1612; 1905 - 2298; 1925 - 2229; 1939 - 2654; 1979 r. - 1432; 1998- 1514.

Na podstawie książki Waldemara Bena "Dzieje puszczy zgorzelecko-osiecznickiej"